Il dipinto è ambientato nell'aspro paesaggio de La Verna, vicino ad un piccolo eremo, dove Gesù Serafino, avvolto da ali di angeli, appare al Santo donandogli le stigmate, con raggi di luce che si dirigono nei punti delle ferite di Cristo. San Francesco, inginocchiato, riceve le stimmate ed un frate, seduto, ignaro di quello che sta avvenendo, continua a leggere.
Nella parte inferiore dell’affresco, in cui si svolge gran parte della scena, predomina il color ocra del monte, mentre la metà superiore è suddivisa tra la cima del monte a sinistra e Gesù Serafino a destra. Le architetture invece presentano colori più vivi come il giallo a destra e l’ocra rossa a sinistra. La figura del Santo e del francescano invece sono più scure e il saio è di colore marrone. Invece nel cielo dal colore blu scuro emerge nettamente a destra la figura di Gesù Serafino colorata con toni caldi di giallo e ocra rossa. La scena si svolge in un paesaggio naturale, la figura dei francescani non è proporzionata a quella degli edifici religiosi. Nell’affresco, anche se non ben visibili, si intravedono sul monte alberelli dalle chiome folte. In basso poi sotto la figura di San Francesco si vedono alcune piantine che crescono nelle fessure della roccia.